En 2022 se notificaron 18 casos de encefalitis transmitida por garrapatas en Croacia (Edades 15-72 años). 2 casos fueron importados de Alemania y Polonia. Se detectó un cluster en Gorski Kotar, una zona montañosa entre la costa y el continente. La enfermedad es endémica en el país.
Se han notificado infecciones y brotes esporádicos en Croacia del virus del Nilo occidental durante 2012 a 2018. También infecciones asintomáticas en caballos. Tras 3 años de ausencia. En 2022 se notificaron 6 pacientes con enfermedad neuroinvasiva (meningitis, encefalitis o mielitis). Se registraron además 11 infecciones asintomáticas detectadas por serología en caballos en la región continental del país. Un caballo por primera vez registró sintomatología neuroinvasiva.
Durante los años 2012 a 2018 se notificaron casos de virus usutu en pájaros en Croacia. Tras 3 años de ausencia de detecciones en 2022 fue confirmado nuevamente en un mirlo muerto (Turdus merula) con síntomas neurológicos de Zagreb. El aislado pertenecía al linaje 2 del virus
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