Las setas que causan síntomas gastrointestinales tardíos incluyen Amanita phalloides y tipos relacionados (miembros de los géneros Amanita, Gyromitra, y Cortinarius).
La seta de la especie Amanita phalloides causa el 95% de las muertes por intoxicación con setas. Los vómitos y la diarrea empiezan entre 6 y 12 horas después de la ingestión. Algunas veces, se produce un peligroso descenso del nivel de azúcar en sangre. Los síntomas remiten en unos pocos días, pero entonces la persona desarrolla insuficiencia hepática y, a veces, renal. La insuficiencia hepática provoca un tinte amarillo de la piel (ictericia). En las personas con insuficiencia renal puede disminuir o interrumpirse la micción. A veces los síntomas desaparecen por sí solos, pero en torno a la mitad de las personas que sufren este tipo de intoxicación mueren en unos 5 u 8 días. Las personas con insuficiencia hepática pueden sobrevivir con un trasplante de hígado.
Las setas de la especie Amanita smithiana tienden a causar retraso en el vómito y la diarrea (entre 6 y 12 horas después de ser ingeridas). Puede producirse una insuficiencia renal dentro de los 3 días posteriores a la ingestión de las setas o después de 1 a 2 semanas de la ingestión y suele ser necesaria hemodiálisis temporal.
Las setas del género Gyromitra también causan vómitos y diarrea tardíos, así como un descenso del nivel de azúcar en sangre. Otras consecuencias son toxicidad cerebral (como convulsiones) y, al cabo de pocos días, insuficiencia hepática y renal.
La mayoría de las setas Cortinarius son originarias de Europa. Los vómitos y la diarrea pueden durar 3 días. Entre 3 y 20 días después de la ingestión puede producirse insuficiencia renal, con síntomas de dolor en el costado y disminución de la cantidad de orina. A menudo la insuficiencia renal se resuelve espontáneamente.