La nación está comprendida por la isla de nombre Madagascar, la más grande de África y la cuarta más grande del mundo, y por pequeñas y numerosas islas periféricas. Está separada del continente por el canal de Mozambique. A pesar de su cercanía actual al continente africano, Madagascar formaba parte en su origen del subcontinente indio, del cual se separó hace unos 88 millones de años.

Por ello su aislamiento ha favorecido la conservación en su territorio de multitud de especies únicas en el mundo, la mayoría de ellas endémicas de la isla. Las más notables son los lémures (un infraorden de primates), el fosa carnívoro, cinco​ familias endémicas de aves y seis especies endémicas de baobabs.