Las islas estaban deshabitadas cuando comenzaron a llegar comerciantes árabes. Los primeros europeos en visitarlas fueron los portugueses en 1505. Al estar en la ruta hacia Asia, fueron ocasionalmente ocupadas por piratas hasta que Francia tomó posesión del territorio en 1756, recibiendo su nombre actual en honor del entonces ministro de finanzas francés Jean Moreau de Séchelles.