Uganda toma su nombre del desaparecido Reino de Buganda, que abarcaba la porción sur del país incluida la capital, Kampala.

Los nativos ugandeses fueron cazadores-recolectores hasta hace entre 1700 y 2300 años, cuando las poblaciones de habla bantú colonizaron la región.

A partir del siglo XIII en la zona de los Grandes Lagos se fueron formando diversos reinos. Entre los más importantes destacan el de Bunyoro y el de Buganda. Estas potencias unas veces fueron aliadas y otras compitieron entre sí hasta que se integraron en el protectorado británico de Uganda de manera negociada.

Uganda se independizó del Reino Unido en 1962 después de haber sido un protectorado británico desde el año 1894.​ En 1966, el primer ministro, Milton Obote, había derogado la constitución y se declaró a sí mismo presidente, introduciendo una era de golpes y contragolpes que durarían hasta mediados de los 80. El año 1971 vio a Idi Amin tomar el poder, gobernando el país por medio de un régimen militar durante casi una década. Se estima que la persecución llevada a cabo por el gobierno se cobró las vidas de 300.000 ugandeses, e hizo desaparecer la minoría empresarial indo-oriental de Uganda, diezmando la economía. Su gobierno acabó en 1979 gracias a una invasión por parte de Tanzania, ayudada por exiliados ugandeses. Durante un año se sucedieron gobiernos provisionales, hasta las elecciones presidenciales en las que resultó elegido por fraude Milton Obote. La situación no mejoró mucho con el regreso de Milton Obote, quien fue depuesto una vez más en 1985, por Tito Okello. Su inestable dictadura acabó un año más tarde, cuando las fuerzas guerrilleras dirigidas por Yoweri Museveni tomaron el poder. El actual presidente, Yoweri Museveni, ha estado en el poder desde 1986 y ha sido reelegido hasta la actualidad por medio de procesos electorales considerados “irregulares”.

El país ha recuperado una estabilidad relativa, a excepción del norte, donde continúa habiendo combates con una insurgencia rebelde.